Νεα

Αρχείο: Αυγούστου 2017

Έργα

Σε εξέλιξη

CAUSALPATH
Cancer-Biomarkers in HUNT

Ολοκληρωμένα

STATegra
Epilogeas – Aristeia II

ανθρωποι

Η ομάδα μας
Τσαμαρδίνος Ιωάννης

Αναπληρωτής Καθηγητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Vincenzo Lagani

Μετα-διδακτορικός ερευνητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Μαρκάκη Μαρία

Μετα-διδακτορικός ερευνητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Παπουτσόγλου Γιώργος

Μετα-διδακτορικός ερευνητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Μιχαήλ Τσάγρης

Μετα-διδακτορικός ερευνητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Πανταζής Γιάννης

Μετα-διδακτορικός ερευνητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Λακιωτάκη Κλεάνθη

Μετα-διδακτορικός ερευνητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Μπορμπουδάκης Γεώργιος

Υποψήφιος Διδάκτορας,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Γρεασίδου Ελισάβετ

Μεταπτυχιακός φοιτητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Ξένου Μίνα

Μεταπτυχιακός φοιτητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Τσέλας Χρήστος

Μεταπτυχιακός Φοιτητής,
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Φραγκιουδάκη Γλυκερία

Διοικητική βοηθός
Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών,
Πανεπιστήμιο Κρήτης

Konstantinos Tsirlis

Postgraduate Student, Interdepartmental Graduate Program in the Brain and Mind Sciences, University of Crete

Kleio-Maria Verrou

Graduate student,
Department of Computer Science,
University of Crete, Hellas

Zacharias Papadovasilakis

Post – graduate student Medical School, University of Crete

Marios Dimitriadis

Undergaduate student, Department of Computer Science, University of Crete, Hellas

Iordanis Xanthopoulos

Undergaduate student, Department of Computer Science, University of Crete, Hellas

Πρώην μέλη

δημοσιευσεις

2018


Marios Adamou, Grigoris Antoniou, Elissavet Greasidou, Vincenzo Lagani, Paulos Charonyktakis, Ioannis Tsamardinos, Michael Doyle. Toward Automatic Risk Assessment to Support Suicide Prevention. Crisis, (2018).
@article{marios adamou (2018)toward,
  title={Toward Automatic Risk Assessment to Support Suicide Prevention},
  author={Marios Adamou and Grigoris Antoniou and Elissavet Greasidou and Vincenzo Lagani and Paulos Charonyktakis and Ioannis Tsamardinos and Michael Doyle},
  journal={Crisis},
  year={(2018)}
}

Michail Tsagris, Giorgos Borboudakis, Vincenzo Lagani, Ioannis Tsamardinos. Constraint-based causal discovery with mixed data. International Journal of Data Science and Analytics, (2018).
@article{tsagris(2018)constraint,
  title={Constraint-based causal discovery with mixed data},
  author={Tsagris, Michail and Borboudakis, Giorgos and Lagani, Vincenzo and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={International Journal of Data Science and Analytics},
  year={(2018)}
}

Maria Markaki, Ioannis Tsamardinos, Arnulf Langhammer, Vincenzo Lagani, Kristian Hveem, Oluf Dimitri Røe. A Validated Clinical Risk Prediction Model for Lung Cancer in Smokers of All Ages and Exposure Types: A HUNT Study. EBioMedicine, (2018).
@article{markaki(2018)validated,
  title={A Validated Clinical Risk Prediction Model for Lung Cancer in Smokers of All Ages and Exposure Types: A HUNT Study},
  author={Markaki, Maria and Tsamardinos, Ioannis and Langhammer, Arnulf and Lagani, Vincenzo and Hveem, Kristian and Røe, Oluf Dimitri},
  journal={EBioMedicine},
  year={(2018)}
}

Marios Adamou, Grigoris Antoniou, Elissavet Greassidou, Vincenzo Lagani, Paulos Charonyktakis, Ioannis Tsamardinos. Towards Automatic Risk Assessment to Support Suicide Prevention. Accepted to Crisis: The Journal of Crisis Intervention and Suicide Prevention, (2018).
@article{adamou(2018)towards,
  title={Towards Automatic Risk Assessment to Support Suicide Prevention},
  author={Adamou, Marios and Antoniou, Grigoris and Greassidou, Elissavet and Lagani, Vincenzo and Charonyktakis, Paulos and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={Accepted to Crisis: The Journal of Crisis Intervention and Suicide Prevention},
  year={(2018)}
}

Marios Adamou, Grigoris Antoniou, Elissavet Greassidou, Vincenzo Lagani, Paulos Charonyktakis, Ioannis Tsamardinos. Mining Free-Text Medical Notes for Suicide Risk Assessment. , (2018).
@article{adamou(2018)mining,
  title={Mining Free-Text Medical Notes for Suicide Risk Assessment},
  author={Adamou, Marios and Antoniou, Grigoris and Greassidou, Elissavet and Lagani, Vincenzo and Charonyktakis, Paulos and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={},
  year={(2018)}
}

Kleanthi Lakiotaki, Nikolaos Vorniotakis, Michail Tsagris, Georgios Georgakopoulos, Ioannis Tsamardinos. BioDataome: a collection of uniformly preprocessed and automatically annotated datasets for data-driven biology. Database, (2018).
@article{lakiotaki(2018)biodataome,
  title={BioDataome: a collection of uniformly preprocessed and automatically annotated datasets for data-driven biology},
  author={Lakiotaki, Kleanthi and Vorniotakis, Nikolaos and Tsagris, Michail and Georgakopoulos, Georgios and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={Database},
  year={(2018)}
}

Michail Tsagris, Vincenzo Lagani, Ioannis Tsamardinos. Feature selection for high-dimensional temporal data. BMC Bioinformatics, (2018).
@article{tsagris(2018)feature,
  title={Feature selection for high-dimensional temporal data},
  author={Tsagris, Michail and Lagani, Vincenzo and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={BMC Bioinformatics},
  year={(2018)}
}

2017


Ioannis Tsamardinos, Elissavet Greasidou, Michalis Tsagris, Giorgos Borboudakis. Bootstrapping the Out-of-sample Predictions for Efficient and Accurate Cross-Validation. , (2017).
@article{tsamardinos(2017)bootstrapping,
  title={Bootstrapping the Out-of-sample Predictions for Efficient and Accurate Cross-Validation},
  author={Tsamardinos, Ioannis and Greasidou, Elissavet and Tsagris, Michalis and Borboudakis, Giorgos},
  journal={},
  year={(2017)}
}

Sofia Triantafillou, Vincenzo Lagani, Christina Heinze-Deml, Angelika Schmidt, Jesper Tegner, Ioannis Tsamardinos. Predicting Causal Relationships from Biological Data: Applying Automated Casual Discovery on Mass Cytometry Data of Human Immune Cells. Scientific Reports. 2017, (2017).
@article{triantafillou(2017)predicting,
  title={Predicting Causal Relationships from Biological Data: Applying Automated Casual Discovery on Mass Cytometry Data of Human Immune Cells},
  author={Triantafillou, Sofia and Lagani, Vincenzo and Heinze-Deml, Christina and Schmidt, Angelika and Tegner, Jesper and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={Scientific Reports. 2017},
  year={(2017)}
}

Vincenzo Lagani, Giorgos Athineou, Alessio Farcomeni, Michail Tsagris, Ioannis Tsamardinos. Feature Selection with the R Package MXM: Discovering Multiple, Statistically-Equivalent, Predictive Feature Subsets. Journal of Statistical Software, (2017).
@article{lagani(2017)feature,
  title={Feature Selection with the R Package MXM: Discovering Multiple, Statistically-Equivalent, Predictive Feature Subsets},
  author={Lagani, Vincenzo and Athineou, Giorgos and Farcomeni, Alessio and Tsagris, Michail and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={Journal of Statistical Software},
  year={(2017)}
}

Michail Tsagris, Giorgos Borboudakis, Vincenzo Lagani, Ioannis Tsamardinos. Constraint-based Causal Discovery with Mixed Data. , (2017).
@article{tsagris(2017)constraint,
  title={Constraint-based Causal Discovery with Mixed Data},
  author={Tsagris, Michail and Borboudakis, Giorgos and Lagani, Vincenzo and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={},
  year={(2017)}
}

Konstantinos Tsirlis, Vincenzo Lagani, Sofia Triantafillou, Ioannis Tsamardinos. On Scoring Maximal Ancestral Graphs with the Max-Min Hill Climbing Algorithm. , (2017).
@article{tsirlis(2017)scoring,
  title={On Scoring Maximal Ancestral Graphs with the Max-Min Hill Climbing Algorithm},
  author={Tsirlis, Konstantinos and Lagani, Vincenzo and Triantafillou, Sofia and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={},
  year={(2017)}
}

Georgia Orfanoudaki, Maria Markaki, Katerina Chatzi, Ioannis Tsamardinos, Anastassios Economou. MatureP: prediction of secreted proteins with exclusive information from their mature regions. Scientific Reports, (2017).
@article{orfanoudaki(2017)maturep,
  title={MatureP: prediction of secreted proteins with exclusive information from their mature regions},
  author={Orfanoudaki, Georgia and Markaki, Maria and Chatzi, Katerina and Tsamardinos, Ioannis and Economou, Anastassios},
  journal={Scientific Reports},
  year={(2017)}
}

Georgios Papoutsoglou, Giorgos Athineou, Vincenzo Lagani, Iordanis Xanthopoulos, Angelika Schmidt, Szabolcs Éliás, Jesper Tegnér, Ioannis Tsamardinos. SCENERY: a web application for (causal) network reconstruction from cytometry data. Nucleic Acids Research, (2017).
@article{papoutsoglou(2017)scenery,
  title={SCENERY: a web application for (causal) network reconstruction from cytometry data},
  author={Papoutsoglou, Georgios and Athineou, Giorgos and Lagani, Vincenzo and Xanthopoulos, Iordanis and Schmidt, Angelika and Éliás, Szabolcs and Tegnér, Jesper and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={Nucleic Acids Research},
  year={(2017)}
}

Kyros Siomos, E Papadaki, Ioannis Tsamardinos, K Kerkentzes, M Koygioylis, CM Trakatelli. Prothrombotic and Endothelial Inflammatory Markers in Greek Patients with Type 2 Diabetes Compared to Non-Diabetics. Endocrinology & Metabolic Syndrome, (2017).
@article{siomos(2017)prothrombotic,
  title={Prothrombotic and Endothelial Inflammatory Markers in Greek Patients with Type 2 Diabetes Compared to Non-Diabetics},
  author={Siomos, Kyros and Papadaki, E and Tsamardinos, Ioannis and Kerkentzes, K and Koygioylis, M and Trakatelli, CM},
  journal={Endocrinology \& Metabolic Syndrome},
  year={(2017)}
}

2016


Jermaine Goveia, Andreas Pircher, Lena-Christin Conradi, Joanna Kalucka, Vincenzo Lagani, Mieke Dewerchin, Guy Eelen, Ralph J DeBerardinis, Ian D Wilson, Peter Carmeliet. Meta-analysis of clinical metabolic profiling studies in cancer: challenges and opportunities. EMBO Molecular Medicine, (2016).
@article{goveia(2016)meta,
  title={Meta-analysis of clinical metabolic profiling studies in cancer: challenges and opportunities},
  author={Goveia, Jermaine and Pircher, Andreas and Conradi, Lena-Christin and Kalucka, Joanna and Lagani, Vincenzo and Dewerchin, Mieke and Eelen, Guy and DeBerardinis, Ralph J and Wilson, Ian D and Carmeliet, Peter},
  journal={EMBO Molecular Medicine},
  year={(2016)}
}

Giorgos Borboudakis, Ioannis Tsamardinos. Towards Robust and Versatile Causal Discovery forBusiness Applications. , (2016).
@article{borboudakis(2016)towards,
  title={Towards Robust and Versatile Causal Discovery forBusiness Applications},
  author={Borboudakis, Giorgos and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={},
  year={(2016)}
}

Paulos Charonyktakis, Maria Plakia, Ioannis Tsamardinos, Maria Papadopouli. On user-centric modular QoE prediction for voip based on machine-learning algorithms. IEEE Transactions on Mobile Computing, (2016).
@article{charonyktakis(2016)user,
  title={On user-centric modular QoE prediction for voip based on machine-learning algorithms},
  author={Charonyktakis, Paulos and Plakia, Maria and Tsamardinos, Ioannis and Papadopouli, Maria},
  journal={IEEE Transactions on Mobile Computing},
  year={(2016)}
}

Sofia Triantafillou, Ioannis Tsamardinos. Score based vs constraint based causal learning in the presence of confounders. , (2016).
@article{triantafillou(2016)score,
  title={Score based vs constraint based causal learning in the presence of confounders},
  author={Triantafillou, Sofia and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={},
  year={(2016)}
}

Anna Roumpelaki, Giorgos Borboudakis, Sofia Triantafillou, Ioannis Tsamardinos. Marginal causal consistency in constraint-based causal learning. , (2016).
@article{roumpelaki(2016)marginal,
  title={Marginal causal consistency in constraint-based causal learning},
  author={Roumpelaki, Anna and Borboudakis, Giorgos and Triantafillou, Sofia and Tsamardinos, Ioannis},
  journal={},
  year={(2016)}
}

Read more

Σχετικά

Mens Ex Machina,  εμπνευσμένο από το «Ο από Μηχανής Νους», παράφραση της λατινικής έκφρασης  Deus Ex Machina, «Ο Από Μηχανής Θεός». Η ονομασία προτάθηκε από τη Λούσυ Σοφιάδου, σύζυγο του καθηγητή Ιωάννη Τσαμαρδίνου.

Είμαστε μία ερευνητική ομάδα, η οποία ιδρύθηκε τον Οκτώβριο του 2006, υπό την καθοδήγηση του Αναπληρωτή Καθηγητή Ιωάννη Τσαμαρδίνου, τα ενδιαφέροντα του οποίου επικεντρώνονται στη Tεχνητή Nοημοσύνη, στη Mηχανική Mάθηση και στη Bιοϊατρική Πληροφορική και σε συνεργασία με το Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, του Πανεπιστημίου Κρήτης. Ο στόχος της ομάδας είναι η εξέλιξη της επιστήμης και η διάδοση της γνώσης μέσα από εκπαιδευτικές δραστηριότητες και υπολογιστικά εργαλεία. Η ομάδα μας συμμετέχει:

Έρευνα:

Θεωρητική, αλγοριθμική και εφαρμοσμένη έρευνα σε όλους τους παραπάνω τομείς. Συμμετέχουμε, επίσης, σε διεπιστημονικές συνεργασίες  με Βιολόγους, Φυσικούς και επαγγελματίες από άλλα επιστημονικά πεδία.

Εκπαίδευση:

Εκπαιδευτικές δραστηριότητες, όπως η διδασκαλία πανεπιστημιακών μαθημάτων, καλοκαιρινά μαθήματα, η επίβλεψη προπτυχιακών διατριβών , μεταπτυχιακών προγραμμάτων και διδακτορικών διατριβών.

Συστήματα και Λειτουργικό:

Εφαρμογή εργαλείων, συστημάτων και κώδικα βιβλιοθηκών στην υποστήριξη της διάδοσης των αποτελεσμάτων της έρευνας.

Η χρηματοδότηση προέρχεται από και μέσω του Πανεπιστημίου Κρήτης. Συχνά, επίσης, προέρχεται από Ευρωπαικές και Διεθνείς ερευνητικές επιχορηγήσεις.

Οι πρόσφατες ερευνητικές δραστηριότητες περιλαμβάνουν, χωρίς όμως να περιορίζονται σε αυτά, τα ακόλουθα :

  • Μέθοδοι ανακάλυψης  αιτιότητας και επαγωγή των  αιτιακών μοντέλων από μελέτες παρατήρησης.  Ειδικότερα, πρόσφατα παρουσιάσαμε το πρόβλημα της  Ενοποιητικής  Αιτιακής Ανάλυσης (Integrative Causal Analysis ).
  • Επιλογή Χαρακτηριστικών (επιλογή μεταβλητών) για κατηγοριοποίηση και παλινδρόμηση.
  • Επαγωγή γραφικών μοντέλων . όπως των Μπεϋσιανών  Δικτύων  από δεδομένα.
  • Ανάλυση βιοιατρικών δεδομένων και εφαρμογές  της Τεχνητής  Νοημοσύνης και των μεθόδων της Mηχανικής  Mάθησης για τη δημιουργία νέας βιοιατρικής  γνώσης.
  • Αναγνώριση δραστηριότητας σε Περιβάλλον Διάχυτης Νοημοσύνης.

Ιωάννης Τσαμαρδίνος
Αναπληρωτής Καθηγητής, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης